In this section

Statistics on protein trees

The protein tree pipeline is described at the following page.

This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Statistics about the gene tree nodes

Species# Nodes# speciation nodes# duplication nodes# dubious nodesNode typesAverage duplication confidence scoreAverage duplication confidence score (non-dubious nodes)
Fungi225901196553725253
6.6 %13.1 %
Dikarya244861330855445634
5.5 %11.1 %
Basidiomycota218471786213842601
5.7 %16.4 %
Pucciniomycotina794678428717
33.8 %40.4 %
Pucciniales559751064865
62.8 %63.5 %
Puccinia334152972036950
63.5 %63.5 %
Microbotryomycetes110931067041310
55.4 %56.7 %
Rhodotorula20271989380
69.7 %69.7 %
Agaricomycotina155871197813782231
6.9 %18.0 %
Agaricomycetes5759128783808520723
5.6 %19.8 %
Agaricomycetidae340642967319022489
12.3 %28.5 %
Agaricales526064624421024260
9.8 %29.5 %
Schizophyllineae29752936390
61.5 %61.5 %
Agaricineae28244261291216899
29.9 %52.0 %
Strophariaceae671165441670
60.8 %60.8 %
Agaricaceae225205200
65.0 %65.0 %
Amanita55125446660
68.2 %68.2 %
Marasmiineae129601248237999
37.0 %46.6 %
Omphalotaceae393635373990
68.5 %68.5 %
Physalacriaceae492647601651
66.8 %67.2 %
Armillaria368852969571900
77.1 %77.1 %
Lyophyllaceae55085425830
61.4 %61.4 %
Atheliaceae678964433460
66.5 %66.5 %
Boletales269882400118481139
28.1 %45.3 %
Sclerodermatineae8240751071416
60.2 %61.6 %
Pisolithus848875549340
76.1 %76.1 %
Suillineae739068595310
73.3 %73.3 %
Coniophorineae32353209260
55.8 %55.8 %
Agaricomycetes incertae sedis462504396611461138
18.6 %37.1 %
Serendipita712765206070
78.6 %78.6 %
Hymenochaetales10310030
66.7 %66.7 %
Polyporales63989614172376196
43.6 %47.2 %
Fomitopsis886381247390
76.5 %76.5 %
Polyporaceae127081157111298
63.9 %64.4 %
Trametes813575006350
71.1 %71.1 %
Phanerochaetaceae782173474740
74.2 %74.2 %
Sistotremastraceae136211064329780
88.4 %88.4 %
Cantharellales648263651170
58.1 %58.1 %
Gloeophyllaceae832677006260
74.6 %74.6 %
Russulales44384354840
61.3 %61.3 %
Tremellomycetes5519523322066
35.6 %46.3 %
Tremellales1253312041362130
37.1 %50.4 %
Cryptococcaceae53835316670
61.9 %61.9 %
Dacrymycetaceae86647330129836
71.1 %73.1 %
Calocera835977825770
73.9 %73.9 %
Ustilaginomycotina67695816232721
7.7 %31.5 %
Ustilaginales78995368582473
1.1 %46.1 %
Ustilaginaceae2991629059124733
7.6 %52.5 %
Pseudozyma858410
50.0 %50.0 %
Exobasidiomycetes2017419836136202
17.5 %43.6 %
Microstromatales incertae sedis46004579210
61.9 %61.9 %
Exobasidiales46234580430
69.8 %69.8 %
Ascomycota829961465601593
2.8 %10.6 %
Taphrinomycotina74737445280
44.3 %44.3 %
Pneumocystis65856566190
76.3 %76.3 %
Schizosaccharomyces13533131204130
78.9 %78.9 %
saccharomyceta8459613811821139
5.6 %10.9 %
Saccharomycotina255411912512265190
3.4 %18.0 %
Pichiomycetes98379249120468
4.7 %22.9 %
Pichiaceae14774146111576
43.9 %45.6 %
Pichia40864018680
64.7 %64.7 %
Komagataella phaffii GS11548144724900
89.4 %89.4 %
Ogataea48484766820
79.3 %79.3 %
Serinales90158418250347
13.1 %31.3 %
Metschnikowiaceae87918745460
47.8 %47.8 %
Candidozyma21122053590
55.6 %55.6 %
Debaryomycetaceae3605935261299499
15.0 %40.0 %
Candida/Lodderomyces clade69564727732156
1.6 %47.9 %
Candida759074891010
72.8 %72.8 %
Dipodascales4482409561326
5.7 %35.9 %
Trichomonascaceae22172200170
58.8 %58.8 %
Dipodascales incertae sedis26432622210
54.8 %54.8 %
Saccharomycetes8699852112454
17.3 %24.8 %
Phaffomycetales5242506511166
34.1 %54.4 %
Cyberlindnera37163674420
63.1 %63.1 %
Wickerhamomyces509049321580
72.2 %72.2 %
Saccharomycetaceae52783513371305141
37.9 %42.0 %
Naumovozyma48524767850
79.4 %79.4 %
Zygosaccharomyces47274673540
79.6 %79.6 %
Lachancea47554710450
63.3 %63.3 %
Eremothecium40143992220
77.3 %77.3 %
Pezizomycotina180101380822911911
6.4 %11.7 %
leotiomyceta126110723931978733930
4.4 %12.0 %
Dothideomycetes20271184504451376
5.5 %22.4 %
Dothideomycetidae22375206813931301
7.1 %30.7 %
Cladosporiaceae215481350180470
77.6 %77.6 %
Mycosphaerellales86448327129188
11.1 %27.4 %
Teratosphaeriaceae1248612441450
50.7 %50.7 %
Mycosphaerellaceae420664138066521
43.2 %44.6 %
Pseudocercospora71147027870
65.5 %65.5 %
Zymoseptoria859482893050
75.4 %75.4 %
Pleosporales373223424213311749
12.6 %29.2 %
Pleosporineae4041339352535526
14.7 %29.1 %
Didymellaceae79697931380
57.9 %57.9 %
Pleosporaceae366743625739423
42.5 %45.0 %
Pyrenophora94039332710
68.3 %68.3 %
Bipolaris1030910212970
63.4 %63.4 %
Phaeosphaeriaceae83688311570
56.1 %56.1 %
Massarineae75387477610
54.9 %54.9 %
Dothideomycetes incertae sedis49504933161
38.2 %40.6 %
Botryosphaeriaceae796575054600
66.7 %66.7 %
sordariomyceta186811425314352993
5.1 %15.6 %
Sordariomycetes6589942338336120200
2.3 %16.4 %
Sordariomycetidae2876728316197254
15.3 %35.0 %
Sordariales1230912213951
53.3 %53.9 %
Sordariaceae815779741830
70.8 %70.8 %
Magnaporthales755773931604
52.2 %53.5 %
Magnaporthaceae784675832630
62.5 %62.5 %
Diaporthales14149140321170
52.4 %52.4 %
Ophiostomataceae1239612326691
48.8 %49.5 %
Sporothrix81188042760
71.1 %71.1 %
Xylariomycetidae100519362209480
11.3 %37.4 %
Xylariales141841401513534
36.4 %45.6 %
Hypoxylaceae83698324450
60.0 %60.0 %
Amphisphaeriales66026555470
56.4 %56.4 %
Hypocreomycetidae22765204667331566
6.3 %19.9 %
Hypocreales672345878519676482
5.7 %24.4 %
Cordycipitaceae272700
0.0 %0.0 %
Hypocreaceae44274413131
49.3 %53.1 %
Trichoderma27497270374600
58.1 %58.1 %
Ophiocordycipitaceae2479723879294624
14.0 %43.6 %
Tolypocladium1289912817820
52.6 %52.6 %
Ophiocordyceps35833563200
67.5 %67.5 %
Stachybotrys928889863020
69.0 %69.0 %
Clavicipitaceae299512953735163
37.2 %43.9 %
Metarhizium68086784240
54.2 %54.2 %
Nectriaceae9313886335298
29.2 %37.4 %
Fusarium34954335241157273
34.9 %43.1 %
Fusarium sambucinum species complex22773225941790
61.4 %61.4 %
Fusarium fujikuroi species complex1093910898410
62.2 %62.2 %
Glomerellales729572018014
27.4 %32.2 %
Verticillium116109051251049
36.5 %37.2 %
Verticillium dahliae91729131410
67.1 %67.1 %
Colletotrichum30304295867180
55.1 %55.1 %
Microascales3213321120
50.0 %50.0 %
Ceratocystidaceae3841383650
60.0 %60.0 %
Microascaceae577356571160
62.9 %62.9 %
Leotiomycetes199791518211203677
6.4 %27.3 %
Helotiales64056614432212401
34.4 %40.6 %
Sclerotiniaceae60415971700
64.3 %64.3 %
Drepanopezizaceae6394638950
60.0 %60.0 %
Mollisiaceae11890114674230
64.5 %64.5 %
Ploettnerulaceae904788911560
62.5 %62.5 %
Erysiphaceae47284708200
73.3 %73.3 %
Erysiphe534749643830
78.7 %78.7 %
Eurotiomycetes84497685201563
4.9 %18.6 %
Eurotiomycetidae107949365443986
5.8 %18.8 %
Onygenales2529724738440119
26.3 %33.4 %
Onygenaceae60275974530
54.4 %54.4 %
Coccidioides758274741080
66.2 %66.2 %
Arthrodermataceae14452142062460
61.2 %61.2 %
Ajellomycetaceae27452272362160
48.6 %48.6 %
Eurotiales25597230438111743
8.6 %27.1 %
Aspergillaceae1630415044463797
10.8 %29.4 %
Aspergillus1787816644386848
10.2 %32.7 %
Aspergillus subgen. Fumigati16518164139510
48.9 %54.0 %
Aspergillus fumigatus92599212470
59.6 %59.6 %
Aspergillus subgen. Circumdati24449240593900
61.1 %61.1 %
Trichocomaceae53675326365
39.2 %44.7 %
Talaromyces14018138361820
51.6 %51.6 %
Chaetothyriomycetidae10014981710394
16.3 %31.1 %
Chaetothyriales8180785425868
25.1 %31.8 %
Herpotrichiellaceae44323434448790
44.8 %44.8 %
Orbiliaceae13941131657760
70.2 %70.2 %
Tuber13113127044090
72.1 %72.1 %
Fungi incertae sedis232642000813331923
11.1 %27.2 %
Microsporidia730651772731856
4.4 %34.5 %
Pleistophoridae202819061220
77.0 %77.0 %
Apansporoblastina2549236726156
4.9 %34.2 %
Nosematidae34033460
66.7 %66.7 %
Enterocytozoonidae115710951250
14.8 %76.4 %
Enterocytozoon96596050
70.0 %70.0 %
Microsporidia incertae sedis13021289130
48.7 %48.7 %
Chytridiomycota incertae sedis7517717924593
33.5 %46.2 %
Neocallimastigaceae190971576333340
73.5 %73.5 %
Chytridiomycetes372835981300
62.2 %62.2 %
Mucoromycota4842459118170
28.1 %39.0 %
Mortierellaceae10556864119150
77.9 %77.9 %
Mucoromycotina3327309421617
49.7 %53.6 %
Mucorales28705248423706157
49.4 %51.5 %
Cunninghamellaceae736671202460
71.1 %71.1 %
Mucorineae171141610499218
55.9 %56.9 %
Rhizopus781671856310
67.4 %67.4 %
Lichtheimia10646909315530
85.1 %85.1 %
Cryptomycota incertae sedis901891100
65.0 %65.0 %